Lleva su Colegio a la Calle de Don Pedro nº 1, el día uno de mayo de 1849. El diez del mismo se hacen cargo de su dirección las religiosas de la Sagrada Familia de Burdeos, a las que ella trae desde Francia y sostiene económicamente. “Quedamos en que les daría casa, comida y la asistencia toda, ya en sana salud como enfermas, y para sus gastos particulares y mandar algo a la Casa Matriz, tres reales diarios a cada religiosa”.
Las cosas no fueron bien. Micaela se retira a Guadalajara para pedir luz al Señor sobre su Colegio y sobre ella misma: “Me fui al Colegio y en la portería me esperaban Mme. Bonnat, Superiora del Colegio de las señoritas, y la de mi Colegio, Sor Regis, y dos o tres religiosas más, todas de porteras. Yo las saludé con alegría y broma al verlas de porteras; las cogí para subir con ellas, y me dicen que no, que yo no puedo subir. Lo tomé a una broma. Cuando, tomando un tono muy serio, me coge Mme. Bonnat del brazo: -Es que no es broma, y tenga Vd. Entendido que no subirá Vd.- ¿Pues qué hay? – Que me he puesto yo al frente de la Casa, y desde hoy corre exclusivamente por mi cuenta; ya tengo por mía la pensión de Cruzada, que hemos cobrado 4 meses a nombre de Vd. y tres a nombre nuestro, por quien quedará en adelante. Sor Regis de Superiora, el señor J.C. de Superior y Vd. se quedará si quiere como bienhechora.
Todo me lo dijo de prisa, seguido y sin darme tiempo de respirar ni contestar. Me cogió del brazo y me sacó al medio del portal. ¡Muerta me quedé, como de mármol! Me arrodillé delante de la Virgen de los Desamparados, la pedí su ayuda y que yo hiciera la Voluntad de Dios, y la ofrecí una lámpara perpetuamente en el Colegio.”
Esto ocurría el 13 de noviembre de 1849. El 20 del mismo mes se marchaban las francesas y Micaela se queda a vivir temporalmente, en el Colegio, con su doncella.